L'observatoire participatif OrChEsTr collabore avec le conservatoire botanique du bassin parisien (CBNBP) pour intégrer des données anciennes de flore et de traits d’espèces dans une base de données afin d’obtenir des séries antérieures à l’accélération du changement climatique.



 

Un grand nombre de taxons ne peuvent être intégrés dans des analyses globales de la flore et de la faune en raison d’un manque de connaissance de leur statut taxonomique. De plus, les outils actuels de la phylogénie moléculaire sont encore peu compatibles avec l’objectif de développer une base de données dans des délais raisonnables.

Dans le cadre du projet ORChEsTr, l’efficacité de nouveaux outils moléculaires, en particulier la méthode des codes-barres génétiques est donc testée pour déterminer le statut de certains groupes taxonomiques pour lesquels une approche morphologique reste difficile à appliquer. Le soutien du SOERE ECOSCOPE a permis, en 2013, de contribuer au fonctionnement de la plate-forme de biologie moléculaire du laboratoire GEPV. Un travail préliminaire a été ainsi entrepris sur quelques groupes complexes et un post-doctorant a pu participer à l’école thématique "Taxonomie intégrative et expertise taxonomique dans le contexte des projets code-barres ADN" organisée par l’Ecole Doctorale du Muséum National d'Histoire Naturelle. Ce soutien a aussi permis de poursuivre le développement de la base de données et de financer un travail de recherche et la saisie de données concernant les caractères floraux en lien avec la pollinisation.

En 2015, ORChEsTr a mis en œuvre la première phase d’extension de la base de données participative au territoire d’agrément du Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP) avec l’intégration de données anciennes de flore et de traits d’espèces.

Face au changement climatique, les espèces peuvent répondre par la plasticité phénotypique, les changements génétiques adaptatifs, les déplacements d’espèces (souvent associés à de l’extinction locale)… L’ensemble de ces réponses peut induire des changements importants dans les communautés d’espèces et modifier les interactions entre espèces. Il est par ailleurs très délicat de dissocier et d’identifier les causes des changements de biodiversité, en particulier ici le changement climatique, face aux autres composantes du changement global. Pour cela, il est nécessaire de disposer de bases de données à long terme, en particulier datant d’avant le changement climatique mais utiliser des séries de données à long terme issues de protocoles très différents pose encore de grandes difficultés techniques.

En 2013 et 2014, des premières analyses des difficultés liées aux changements de protocoles au cours du temps ont été menées sur la base de données botaniques du CBNBP (FLORA) puis un travail avait été effectué sur ORChEsTr et avait permis d’identifier des difficultés taxonomiques et relatives au statut de naturalité des espèces (Hautekèete et al., 2014). Une première analyse des jeux de données de l’ensemble des régions (Île de France, Centre, Champagne-Ardenne, Bourgogne et, jusqu'en 2015 du département de la Sarthe) a été réalisée en prenant en compte les espèces indigènes seules et en travaillant sur des fenêtres glissantes (format de découpage et d’agglomération des données de la série temporelle) de 50 ans. Néanmoins, des fenêtres glissantes de périodes de 15, 30 et 50 ans ont été testées, chacune partant de 2013 jusqu’à chevaucher 1830.

Les paramètres calculés sont :

  • les richesses observées
  • les indicateurs de structure des données (nombre et pourcentage de singletons, nombre de données …)
  • le nombre d’espèces observées
  • des estimateurs de la richesse spécifique (Chao, Jackknife 1)
  • le pourcentage d’exhaustivité des observations.

Les résultats mettent en exergue l'impact de la structure des données sur les estimateurs et les conclusions sont importantes en termes méthodologiques. L’implémentation d’une combinaison appropriée des méthodes, ressorties de cet projet, permettra d’agréger les bases du CBNBP (FLORA) et du CBNBL (DIGITALE II).

Ce travail constitue la base de réflexions pour l’écriture d’un article de synthèse sur l’utilisation des données naturalistes sur de longues séries temporelles et de la mise en place d’une démarche qualité et de protocoles d’utilisation des données anciennes des conservatoires.


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